某市稽查局对辖区内一制造业企业实施立案稽查，该企业主要从事塑胶模具、塑胶制品、滑雪用具等的设计、制造，产品全部外销。稽查人员详细核对该公司的工资表、明细表以及用工合同等资料后发现，劳务合同条款中规定由公司全额负担，该公司已缴纳的个人所得税并非由员工个人负担，代员工所缴纳的个人所得税税款在会计处理上直接计入了“管理费用”科目。该公司申报计算个人所得税的计税依据为发给员工的不含税应发工资，未将不含税工资换算成含税工资收入后计算缴纳个税，造成少缴纳个税90万余元。

二、处理结果：

该稽查局依法追补了该公司少缴纳的已扣个人所得税90万余元，并处相应罚款、加收滞纳金合计69万余元。

三、政策依据：

《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》（法释[2002]33号）第一条第二款规定，扣缴义务人书面承诺代纳税人支付税款的，应当认定扣缴义务人“已扣、已收税款”。

《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

该案例中企业与雇佣员工签订书面合同，双方约定支付工资为税后工资，即员工的个人所得税由公司负担。稽查人员对该公司高管人员、负责工资核算的财务人员分别作了询问笔录，其均承认个人所得税款由公司负担，但在实际申报时少申报了计税依据。因此，税务机关根据征管法的相关规定，对其少缴已扣个人所得税的行为定性为偷税，据此加收滞纳金、加处罚款。

四、延伸提示：

1）劳动合同中约定为税后工资，公司负担个税，符合法释[2002]33号规定。

2）明知却未还原工资计税，按偷税论处，补扣个税、加处罚款、加收滞纳金。

3）企业为员工个人负担的个人所得税，属于与生产经营活动无关的支出，不得在企业所得税前扣除。

4）偷税按“50%-500%罚款”；应收而不收税款的按“50%-300%罚款”。